Компания Nvidia объявила о том, что исследователи из Университета Иллинойса в Урбана-Кампейн (UIUC) добились большого прорыва в борьбе с распространением вируса иммунодефицита (ВИЧ) с помощью графических процессоров Nvidia Tesla.
Компания Nvidia объявила о том, что исследователи из Университета Иллинойса в Урбана-Кампейн (UIUC) добились большого прорыва в борьбе с распространением вируса иммунодефицита (ВИЧ) с помощью графических процессоров Nvidia Tesla.
В частности, исследователи из Университета Иллинойса в сотрудничестве с исследователями из медицинской школы Университета Питтсбурга впервые определили точную химическую структуру белковой оболочки, которая защищает генетический материал вируса и служит ключом к его вирулентности. Такой прорыв может помочь в создании новых, более эффективных антиретровирусных средств против вируса, считают исследователи.
Как рассказали CNews в Nvidia, структура белковой оболочки ВИЧ была определена с помощью первого атомарного моделирования на суперкомпьютере Blue Waters. Суперкомпьютер Cray XK7, основанный на 3 тыс. ускорителях Nvidia Tesla K20X, предоставил ученым необходимую вычислительную мощь для проведения крупного моделирования, включающего 64 млн. атомов.
«Без мощи вычислений, ускоряемых графическим процессором в системе Blue Waters, было бы очень сложно провести моделирование такого масштаба, — утверждает Клаус Шультен (Klaus Schulten), профессор физики в Университете Иллинойса. — Мы перешли на графические ускорители более пяти лет назад, и они значительно ускорили темп наших исследований».
«Графические процессоры помогают ученым раздвигать рамки научных открытий и решать самые сложные задачи, заглядывая внутрь наиболее сложных систем, — заявил Сумит Гупта (SumitGupta), директор по вычислительным решениям на базе Tesla в Nvidia. — Blue Waters и Titan, первый в мире суперкомпьютер для открытых научных исследований из Национальной Лаборатории Окриджа — это только две из множества систем на базе GPU, которые генерируют новую волну научных открытий».
С планируемым увеличением количества GPU в системе Blue Waters ученые из Университета Иллинойса намерены увеличить количество проводимых симуляций, чтобы получить еще больше сведений о структуре и поведении белковой оболочки ВИЧ. По словам ученых, исследование белковой оболочки стало важной задачей при создании новых антиретровирусных лекарств в основном благодаря тому факту, что у макак-резусов выработался иммунитет к ВИЧ из-за белка, который нарушает функционирование беловой оболочки.
Как известно, белковая оболочка вируса содержит его генетический материал, который она защищает и внедряет в клетки человека. Проникнув внутрь, оболочка высвобождает этот материал и вызывает инфицирование. Ни одно из существующих лекарств против ВИЧ не предполагает воздействие на белковую оболочку. Однако с появлением новых данных по структуре белковой оболочки ВИЧ фармакологи получили возможность создавать новые и потенциально более эффективные лекарства против вируса, заявили в Nvidia.
