Анализ секвенирования генов ВИЧ-1 используется для рутинных тестов на лекарственную устойчивость (ЛУ) для выбора подходящих лекарств и, следовательно, предотвращения возникновения ЛУ. Результаты работы опубликованы в журнале Nature.
Генотипические тесты на устойчивость к лекарственным средствам ВИЧ-1 в основном проводятся с помощью секвенирования по Сэнгеру сегментов генов, кодирующих различные белки-мишени для лекарств. Ученые из Центра клинических исследований в Японии решили использовать нанопоровое секвенирование вирусных пангеномов, амплифицированных с помощью ПЦР. Новая методика и контрольные тесты с использованием молекулярных клонов ВИЧ-1 продемонстрировали точность до 99,9%.
Проверочные испытания на 106 клинических образцах продемонстрировали высокую степень соответствия генотипов лекарственной устойчивости и тропизма (92,5% и 98,1% соответственно) между результатами секвенирования нанопор и архивными клиническими определениями, сделанными на основе данных секвенирования Сэнгера.
Эти результаты позволяют предположить, что новый подход на основе секвенирования нанопор станет мощным решением для комплексного исследования мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ-1 в клинических условиях.
