Множественная мутация белка шипа (S) варианта SARS-CoV-2 Омикрон вызывает серьезную озабоченность, поскольку она связана с тяжестью COVID-19 и его осложнениями. Эти мутации были приписаны инфицированным COVID-19 лицам с ослабленным иммунитетом, причем пациенты с ВИЧ, как предполагается, возглавляют список. Настоящее исследование изучало мутацию белка S варианта омикрон в сравнении с вариантами Дельта и Ухань. Работа опубликована в журнале Toxicology reports.
В исследовании также изучались молекулярные взаимодействия антиретровирусных препаратов (АРВ) с долутегравиром, ламивудином, тенофовиром-дизопроксилфумаратом и ленакапавиром с инициирующими и терминирующими кодонами мРНК мутировавших белков варианта омикрон с использованием вычислительных инструментов. Полные геномные последовательности соответствующих белков S для вариантов SARS-CoV-2 омикрон (OM066778.1), дельта (OK091006.1) и ухань (NC 045512.2) были получены из базы данных Национального центра биотехнологической информации (NCBI).
Эволюционный анализ выявил высокие тенденции мутаций в белке S варианта SARS-CoV-2 омикрон по сравнению с вариантами дельта и ухань в сочетании с 68% гомологией. Последовательности сайтов инициации трансляции (TIS), сайтов терминации трансляции (TTS), высокомутационного региона 1 (HMR1) и высокомутационного региона 2 (HMR2) мРНК были получены из полного генома белка S варианта омикрон. Молекулярный стыковочный анализ выявил сильные молекулярные взаимодействия ARVd с TIS, TTS, HMR1 и HMR2 мРНК белка S. Эти результаты указывают на мутации в белке S варианта Omicron SARS-CoV-2 по сравнению с вариантами Delta и Wuhan. Эти точки мутации могут представлять новые терапевтические цели для COVID-19.
